Hasta el año de 1986 el área que actualmente ocupa el CEA, era una finca tradicional dedicada a la ganadería extensiva en lo que actualmente es bosque secundario, estación piscícola, vivero y Jardín Botánico. Otra parte boscosa era utilizada para el aprovechamiento forestal con fines comerciales y de uso doméstico, debido a lo cual el bosque natural que aún se conserva, en algunas áreas está altamente intervenido. No obstante se mantienen relictos con bosque primario poco intervenido en los cuales aún puede apreciarse la estructura de un bosque tipo de pie de monte amazónico. Albergue de flora y fauna autóctona, actúa como corredor biológico entre la serranía del Churumbelo y la parte alta de la microcuenca del río Pepino.

Se creó en el año 1986, por la entonces Corporación Autónoma del Putumayo CAP, con el Nombre de Centro Experimental de la Corporación Autónoma del Putumayo CECAP buscando promover el conocimiento científico y tradicional en aras de contribuir a mejorar la calidad de vida de todos los habitantes de la región; hoy el predio del CEA es propiedad de la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Sur de la Amazonia CORPOAMAZONIA. El predio del Centro Experimental Amazónico CEA se encuentra ubicado en el kilómetro 8 de la vía  Mocoa - Villagarzón, en la Vereda San Carlos del Municipio de Mocoa putumayo, entre las coordenadas 1º 12’ de latitud norte y 76º36’ de longitud, al oeste y limita al Norte y Occidente con el Río Pepino, al Sur con la Quebrada La Ardita y predios privados, al Oriente con el Río Mocoa.